Les espèces phares
Amoron’i Onilahy est dominé par les fourrés secs épineux depuis Andranomay jusqu’à Saint-Augustin et présente divers zones humides (lacs, marais, etc.). Ainsi, sa flore inclut des éléments typiques du fourré sec épineux du Sud-Ouest, des espèces ripicoles sur les rives du fleuve Onilahy en l’occurrence et des espèces endémiques de la région (Amoron’i Onilahy et Tsinjoriake) telle que Crotalaria poissonii qui est classée en danger dans la liste rouge de l’UICN. Deux familles endémiques de plantes à Madagascar sont présentes dans la NAP, à savoir Physenaceae et Sphaerosepalaceae. Concernant la faune, le site renferme une grande diversité de chauves-souris et plusieurs espèces de reptiles.