Le Conseil d'Administration de la Fondation pour les Aires Protégées et la Biodiversité est actuellement présidé par M. Barijaona Ramaholimihaso qui est entré en fonction depuis Mai 2015. La Vice-Présidence est confiée à Mme Sahondra Rajoelina.
Le Conseil d’Administration a pour prérogative d’orienter et de définir la politique stratégique de la Fondation. Il est composé de personnalités de la société civile et du secteur privé malgache. Par ailleurs, et pour permettre un suivi régulier de ses activités et entretenir de bonnes relations avec ses donateurs, le Conseil d'Administration rencontre annuellement les principaux contributeurs au capital. Ces réunions sont l'occasion de faire le point sur la situation mais surtout de discuter des perspectives, les recommandations des donateurs sont prises en compte.
Le Conseil d’administration se constitue de 9 membres élus pour une période 4 ans.
